これまでの発掘調査で、主に縄文時代前期から中期（約5,500年から4,000年前）の大集落の跡や、平安時代（約1,000年前）の集落の跡が見つかっています。
特に､縄文時代の大集落の跡からは、数多くの竪穴式住居跡、大型竪穴式住居跡、掘立柱建物跡、大量の遺物が捨てられた谷（泥炭層）、大規模な盛土遺構、道路跡、大人の墓、子どもの墓、環状配石墓などが見つかりました。また、谷から見つかった動物や魚の骨、植物の種子や花粉から、当時の食生活や自然環境などを具体的に知ることができます。さらに、ヒスイやコハク、黒曜石が見つかったことにより、遠方との交易を、漆器は専門的な技術を持った人々が存在していたことを物語っています。
三内丸山遺跡は、縄文時代の人々の生活を具体的に知ることができる貴重な遺跡であり、国特別史跡に指定されています。
青森県では、縄文時代の「むら」を体験できる公園として、整備を進めています。
